Определение и анализ последовательностей нуклеотидов
Cеквенирование ДНК проводилось на фирме “Силекс” (Москва) с помощью “Big Dye Terminator Ready Reaction Kit” (“Applied Biosystems”, США) на автоматическом ДНК секвенаторе “DNA Sequencer ABI PRISM 310” (“Applied Biosystems”, США), в соответствии с инструкциями фирмы-производителя. Использовали 0.3-0.5 мкг ПЦР-фрагмента и соответствующий праймер. Для определения полной последовательности нуклеотидов в ДНК фрагментах, длина которых превышала 1000 п.н., на основе полученных последовательностей конструировали новые праймеры. Эти праймеры использовали затем для реакций секвенирования.
Сравнительный анализ последовательностей ДНК и белков проводили с помощью программы PSI-BLAST, доступной с сервера (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Анализ нуклеотидных последовательностей и их трансляцию в аминокислотные, определение сайтов рестрикции и открытых рамок считывания осуществляли при помощи программ GeneRuner 3.00, пакета программ VectorNTI®Advance v.9.0, DNAStar v.4.04 и Clone Manager 5. Выравнивание аминокислотных последовательностей осуществляли посредством программы ClustalX (v1.62b) (Thompson et al., 1997) и GeneDoc. Филогенетический анализ осуществляли с помощью пакета программ PHYLIP v.3.6, используя программы SEQBOOT, PROTPARS и CONSENSE (Felsenstein, 2004).
Также смотрите:
Роль микроорганизмов в природе и сельском хозяйстве
Микроорганизмы – одни из древнейших живых существ, однако некоторые исследователи полагают, что им предшествовали неклеточные формы жизни. Считается, что развитие живого шло от простых к более сложным организмам.
Мир микроорганизмов сложен и разнообразен. Они широко ...
Биологическое действие витамина РР.
Никотиновая кислота играет важную роль в организме, так как является простетической группой пиридиновых ферментов - кодегидрогеназы I-ДПН и кодегидрогеназы II-ТПН.
Никотиновая кислота в тканях амидируется, затем соединяется с рибозой, фосфорной и адениловой кислотами ...
Беспозвоночные хребта Малая Хатипара
Водораздельный экотон речных долин 2-го порядка (притоков Теберды) характеризуется линейным простиранием, имеет четко выраженные склоны и гребень (рис. 4). Данный вид экотона был рассмотрен на примере хребта Малая Хатипара. Пояс экотона представляет переходную ленточн ...