Определение и анализ последовательностей нуклеотидов

Биология » Идентификация генов биосинтеза эктоина у метилотрофной бактерии Methylarcula marina » Определение и анализ последовательностей нуклеотидов

Cеквенирование ДНК проводилось на фирме “Силекс” (Москва) с помощью “Big Dye Terminator Ready Reaction Kit” (“Applied Biosystems”, США) на автоматическом ДНК секвенаторе “DNA Sequencer ABI PRISM 310” (“Applied Biosystems”, США), в соответствии с инструкциями фирмы-производителя. Использовали 0.3-0.5 мкг ПЦР-фрагмента и соответствующий праймер. Для определения полной последовательности нуклеотидов в ДНК фрагментах, длина которых превышала 1000 п.н., на основе полученных последовательностей конструировали новые праймеры. Эти праймеры использовали затем для реакций секвенирования.

Сравнительный анализ последовательностей ДНК и белков проводили с помощью программы PSI-BLAST, доступной с сервера (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Анализ нуклеотидных последовательностей и их трансляцию в аминокислотные, определение сайтов рестрикции и открытых рамок считывания осуществляли при помощи программ GeneRuner 3.00, пакета программ VectorNTI®Advance v.9.0, DNAStar v.4.04 и Clone Manager 5. Выравнивание аминокислотных последовательностей осуществляли посредством программы ClustalX (v1.62b) (Thompson et al., 1997) и GeneDoc. Филогенетический анализ осуществляли с помощью пакета программ PHYLIP v.3.6, используя программы SEQBOOT, PROTPARS и CONSENSE (Felsenstein, 2004).


Также смотрите:

Клинико-диагностическое значение определения активности амилазы сыворотки крови и мочи
Ответ. У человека альфа-амилаза секретируется поджелудочной и слюнной железами, небольшая ее активность обнаруживается в тканях печени и скелетной мускулатуры. Молекулярная масса альфа-амилазы относительно низка, в отличие от большинства ферментов она фильтруется в к ...

Численность
Ондатра в течении года приносит 2-3 помёта, в среднем по 6-7 детёнышей. Частые паводки губительно влияют не только на размножение зверьков, но и на общую численность стада: в большом количестве погибает молодняк и взрослые особи. Плодовитость ондатры резко изменяется ...

α-субъединица: общие свойства
α-субъединица играет главную роль в функционировании G-белков. Она связывает ГТФ. Она обратимо взаимодействует с β и γ субъединицами, присоединяясь к ним, когда в центре находится ГДФ и диссоциируя, когда в центре ГТФ. При связывании ГТФ α субъедин ...