Определение и анализ последовательностей нуклеотидов
Cеквенирование ДНК проводилось на фирме “Силекс” (Москва) с помощью “Big Dye Terminator Ready Reaction Kit” (“Applied Biosystems”, США) на автоматическом ДНК секвенаторе “DNA Sequencer ABI PRISM 310” (“Applied Biosystems”, США), в соответствии с инструкциями фирмы-производителя. Использовали 0.3-0.5 мкг ПЦР-фрагмента и соответствующий праймер. Для определения полной последовательности нуклеотидов в ДНК фрагментах, длина которых превышала 1000 п.н., на основе полученных последовательностей конструировали новые праймеры. Эти праймеры использовали затем для реакций секвенирования.
Сравнительный анализ последовательностей ДНК и белков проводили с помощью программы PSI-BLAST, доступной с сервера (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Анализ нуклеотидных последовательностей и их трансляцию в аминокислотные, определение сайтов рестрикции и открытых рамок считывания осуществляли при помощи программ GeneRuner 3.00, пакета программ VectorNTI®Advance v.9.0, DNAStar v.4.04 и Clone Manager 5. Выравнивание аминокислотных последовательностей осуществляли посредством программы ClustalX (v1.62b) (Thompson et al., 1997) и GeneDoc. Филогенетический анализ осуществляли с помощью пакета программ PHYLIP v.3.6, используя программы SEQBOOT, PROTPARS и CONSENSE (Felsenstein, 2004).
Также смотрите:
Основные болезни смородины черной. Септориоз
Возбудитель гриб Mycosphaerella ribis lind относится к классу аскомицеты, порядку Dothideales к конидиальной стадии относится несовершенный гриб Septoria ribis Deseu, порядок Sphaeropsidales. В середине мая на листьях смородины появляются мелкие, сначала бурые, затем ...
Столбчатая ржавчина
Возбудитель – Cronatrium ribicola Dietr – гриб с полным циклом развития, относящийся к порядку Uredinales, Поражает черную и красную смородину.
В середине лета на верхней стороне листа смородины появляются желтые пятна, с нижней – ярко - оранжевые подушечки урединеос ...
Функции живого вещества.
Живое вещество в биосфере выполняет следующие функции: газовую, концентрационную, окислительно-восстановительную.
Газовая функция заключается в постоянном газообмене организмов с окружающей средой в процессе дыхания и фотосинтеза. При фотосинтезе растения выделяют ки ...