Определение и анализ последовательностей нуклеотидов
Cеквенирование ДНК проводилось на фирме “Силекс” (Москва) с помощью “Big Dye Terminator Ready Reaction Kit” (“Applied Biosystems”, США) на автоматическом ДНК секвенаторе “DNA Sequencer ABI PRISM 310” (“Applied Biosystems”, США), в соответствии с инструкциями фирмы-производителя. Использовали 0.3-0.5 мкг ПЦР-фрагмента и соответствующий праймер. Для определения полной последовательности нуклеотидов в ДНК фрагментах, длина которых превышала 1000 п.н., на основе полученных последовательностей конструировали новые праймеры. Эти праймеры использовали затем для реакций секвенирования.
Сравнительный анализ последовательностей ДНК и белков проводили с помощью программы PSI-BLAST, доступной с сервера (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Анализ нуклеотидных последовательностей и их трансляцию в аминокислотные, определение сайтов рестрикции и открытых рамок считывания осуществляли при помощи программ GeneRuner 3.00, пакета программ VectorNTI®Advance v.9.0, DNAStar v.4.04 и Clone Manager 5. Выравнивание аминокислотных последовательностей осуществляли посредством программы ClustalX (v1.62b) (Thompson et al., 1997) и GeneDoc. Филогенетический анализ осуществляли с помощью пакета программ PHYLIP v.3.6, используя программы SEQBOOT, PROTPARS и CONSENSE (Felsenstein, 2004).
Также смотрите:
Характер распределения особей в пространстве
Большую часть года инстинкт стадности у косуль слабо выражен. Косуль следует считать зверями, ведущими не только одиночный, но даже отшельнический образ жизни. Образование же ими небольших стад является исключительным явлением, вызванное местными неблагоприятными усло ...
Основные подходы в изучении старения и задачи геронтологии
За последние 5 лет удалось установить, что неблагоприятные факторы производственной среды и трудового процесса ускоряют старение организма работающих и необходимо применение специальных геропротекторов для профилактики преждевременного старения и увеличения профессион ...
Широконоска – Anas clypeata
Немного меньше утки. Голова и шея черные с зеленым отливом, спина и подхвостье черные, зоб и грудь белые, брюшко рыжее. Самка сверху коричневато-бурая с пестринами, снизу охристая, лапы оранжевые. Клюв широкий и длинный. Перелетная птица. Гнездо на земле. Кладка состо ...