Определение и анализ последовательностей нуклеотидов

Биология » Идентификация генов биосинтеза эктоина у метилотрофной бактерии Methylarcula marina » Определение и анализ последовательностей нуклеотидов

Cеквенирование ДНК проводилось на фирме “Силекс” (Москва) с помощью “Big Dye Terminator Ready Reaction Kit” (“Applied Biosystems”, США) на автоматическом ДНК секвенаторе “DNA Sequencer ABI PRISM 310” (“Applied Biosystems”, США), в соответствии с инструкциями фирмы-производителя. Использовали 0.3-0.5 мкг ПЦР-фрагмента и соответствующий праймер. Для определения полной последовательности нуклеотидов в ДНК фрагментах, длина которых превышала 1000 п.н., на основе полученных последовательностей конструировали новые праймеры. Эти праймеры использовали затем для реакций секвенирования.

Сравнительный анализ последовательностей ДНК и белков проводили с помощью программы PSI-BLAST, доступной с сервера (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Анализ нуклеотидных последовательностей и их трансляцию в аминокислотные, определение сайтов рестрикции и открытых рамок считывания осуществляли при помощи программ GeneRuner 3.00, пакета программ VectorNTI®Advance v.9.0, DNAStar v.4.04 и Clone Manager 5. Выравнивание аминокислотных последовательностей осуществляли посредством программы ClustalX (v1.62b) (Thompson et al., 1997) и GeneDoc. Филогенетический анализ осуществляли с помощью пакета программ PHYLIP v.3.6, используя программы SEQBOOT, PROTPARS и CONSENSE (Felsenstein, 2004).


Также смотрите:

Состояние изученности стрекоз и их видовой состав
Стрекозы (Odonata), отряд хищных, хорошо летающих насекомых. Крупные, с подвижной головой, большими глазами, короткими щетинковидными усиками, 4 прозрачными крыльями с густой сетью жилок и удлинённым стройным брюшком. Стрекоз делят на 3 подотряда - равнокрылых (Zygopt ...

Расчет расхода воды
Целесообразно использовать принудительную подачу воды Исходными данными для расчета воды служат нормативные показатели расхода воды на аппараты, бассейны и другие рыбоводные установки зависимости от их количества. 1) Выдерживание производителей Длительность выдержив ...

Применение витамина С.
Витамин С применяется очень широко в лечебной практике как средство, повышающее тонус организма. Этот витамин является специфичным средством против цинги, при носовых и лёгочных кровотечениях, при инфекционых заболеваниях, особенно при болезни печени, при болезни А ...